Ce sont les organes dirigeants qui gèrent, bénévolement, le fonctionnement de l'association à savoir :
- l'Assemblée Générale de l'association - Organe souverain de l'association, elle rassemble tous les membres de l'association. L'Assemblée Générale est la preuve du fonctionnement démocratique de l'association.
- le Conseil d'Administration - Composé de représentants du territoire et de personnalités qualifiées élus lors de l'Assemblée Générale, ses attributions sont déterminées par les statuts. Il a pour rôle majeur d'établir la stratégie globale de l'association.
- le Bureau - Emanation du Conseil d'Administration, ses membres sont à minima le président, le trésorier, le secrétaire. Il assure la gestion courante de l'association et assume l'administration courante de l'association en s'appuyant sur l'équipe salariée et d'autres pairs bénévoles.
Les associations sont représentées au niveau régional par une coordination régionale. En Bretagne, Initiative Bretagne. Son rôle est à la fois interne au mouvement (animation des 20 associations locales bretonnes, professionnalisation…) et externe (représentation des associations à l’égard des partenaires régionaux (Conseils régionaux, Caisse des Dépôts, banques…). Elles prennent en charge une communication régionale et assurent les négociations de niveau régional pour le compte des associations locales au cœur des territoires.
Initiative France est la fédération nationale des associations Initiative qu’elle représente et à qui elle apporte son appui. Cette fédération est garante de l’éthique du réseau et de la qualification des associations locales à des normes de qualité. Elle représente et promeut les actions du mouvement auprès des pouvoirs publics et des partenaires d'échelle nationale. Elle soutient les initiatives visant à dynamiser le tissu local par l'entreprenariat et à promouvoir l’esprit d’entreprise. Cette fédération est présidée depuis le 30.06.2020 par M. Guillaume PÉPY.
